19 października 1984 r. po Mszy świętej w parafii Świętych Polskich Braci Męczenników w Bydgoszczy, w drodze do Warszawy, ks. Jerzy Popiełuszko wraz z prowadzącym samochód Waldemarem Chrostowskim zostali zatrzymani (w miejscowości Górsk), a następnie uprowadzeni przez trzech funkcjonariuszy SB.
Grzegorz Piotrowski, Leszek Pękala, Waldemar Chmielewski byli członkami Samodzielnej Grupy „D” (od słowa dezintegracja) Departamentu IV Ministerstwa Spraw Wewnętrznych.
Od tego momentu ślad po księdzu urywa się. Śledztwo i proces w sprawie uprowadzenia i zabójstwa księdza Popiełuszki były od poczatku zmanipulowane przez władze komunistyczne. 21 października powołano w MSW specjalną grupę mającą zbadać sprawę porwania. W jej skład wchodzili ci sami funkcjonariusze Departamentu IV , którzy uczestniczyli w prześladowaniach księdza Popiełuszki i byli odpowiedzialni za jego śmierć. Zenon Płatek, szef tego departamentu miał wydać polecenie zacierania śladów, ale tylko jego zastępca Adam Pietruszka razem z trzema mordercami trafił na ławę oskarżonych.
27 października ujawniono, że wśród zatrzymanych jako sprawcy porwania znaleźli się funkcjonariusze SB. Po upływie tygodnia (30 października) z zalewu koło tamy we Włocławku wyłowiono ciało ks. Jerzego.
Dokumenty milicji opisują to zdarzenie następująco: „O godzinie 17.00 […] przystąpiono do wydobywania zwłok mężczyzny […] przy użyciu płetwonurków. Przed ich wydobyciem, jak wynika z oświadczenia płetwonurka Krzysztofa Mańko, […] ubrane były w sutannę, zwrócone twarzą w kierunku jazu, z obciążeniem nóg”.
Ciało księdza było okaleczone do tego stopnia, iż z trudem udało się dokonać identyfikacji – dlaczego posunięto się do takiego okrucieństwa?
Czy, jak chce historyk Jacek T. Żurek, po to, by przerazić Polaków niegodzących się do końca z obcym im systemem? – ksiądz miał zmiażdżony język i zmasakrowaną twarz. Czy może chodziło bardziej o pewnego rodzaju symbol – zabicie księdza jako tego, który głosił prawdę – zabicie prawdy? Tego bez „procesowego” odkrycia zarówno zleceniodawców mordu, jak i jego faktycznego przebiegu nigdy się nie dowiemy.
Przewiezienie ciała księdza z Białegostoku (gdzie dokonano sekcji zwłok) na miejsce wiecznego odpoczynku przy kościele św. Stanisława Kostki w Warszawie stało się wielką manifestacją wiary i jedności Narodu. 3 listopada odbył się uroczysty pogrzeb zamordowanego.
Sterowany przez komunistów proces, na którym osądzono sprawców morderstwa trwał od 27 grudnia 1984 r. do 2 lutego 1985 r. przed Sądem Wojewódzkim w Toruniu w obecności specjalnie zebranej „publiczności”, złożonej w większości z funkcjonariuszy SB i oddanych władzy dziennikarzy.
Zakończył się wyrokami skazującymi. G. Piotrowski i A. Pietruszka dostali po 25 lat pozbawienia wolności, L. Pękala – 15, a W. Chmielewski – 14 lat. Wszyscy skazani wyszli z więzienia przed upływem kary. Pękala opuścił więzienie po 5 latach, Chmielewski po 8, Pietruszka po 10, Piotrowski po 16 latach.
Paradoksalnie władze wykorzystały proces także jako swego rodzaju oskarżenie ofiary. Oskarżonym był w tym „procesie” Jerzy Popiełuszko i Kościół katolicki, nazwany przez gen. Wojciecha Jaruzelskiego (w rozmowie z Erichem Honeckerem) „garbem”, którego nie udało się Polsce usunąć.
